Le temple en bois à cet endroit est mentionné pour la première fois en 1625, bien qu'il y ait des raisons de croire qu'il existait auparavant. À l'époque, il y avait la Sloboda d'État Kazennaya, qui s'occupait de la conservation du trésor royal et d'autres biens. En 1676, le marchand Daniil Pivovarov a construit une église en pierre, dont le principal autel a été consacré en l'honneur de l'icône de la Mère de Dieu de Kazan. Dans la salle à manger, deux chapelles ont été aménagées, la chapelle de Nicolas et celle de Jacques, d'où le nom de l'église. L'aspect final de l'église a été acquis au cours du deuxième quart du XIXe siècle après une importante reconstruction.

À l'origine, le temple en pierre du XVIIe siècle avait l'apparence caractéristique de l'époque : une église à cinq coupoles avec des kokoshniks et des façades ornées de briques décoratives. Le clocher à toit en tente du côté ouest a été remplacé au milieu du XVIIIe siècle par un clocher baroque à trois niveaux. En 1831 et 1833, l'église a remplacé son cinq coupoles par un large dôme sur tambour avec de grandes fenêtres, les trois absides ont été remplacées par une large, la décoration en brique des façades a été enlevée, et le bâtiment a acquis un style néoclassique sobre, tout en conservant la base du XVIIe siècle. Les travaux de reconstruction de l'église ont été commandés par le marchand Ivan Matveevich Yartsev, qui était alors maire de Moscou. En 1841 et 1844, la marchande Tatyana Ivanovna Tumakova a rénové la salle à manger et les chapelles dans le style néoclassique.

Au début du XXe siècle, l'église de Jacques avait un bureau de bienfaisance pour les pauvres et un petit hospice. En 1932, les services religieux ont cessé, et l'apparence de l'église a beaucoup changé : des tuyaux, des annexes, des escaliers sont apparus, et à l'intérieur se sont installés un garage et un atelier mécanique. Avec le temps, le dôme s'est effondré, le toit a été envahi par des arbres, des fissures sérieuses sont apparues dans les murs, et l'église s'est pratiquement transformée en ruines. Ce n'est qu'en 1995 que les services religieux ont repris, et plus tard, l'église a été restaurée. À cette époque, la ruelle, initialement appelée Jacques, renommée en 1961 rue Elizarova, est devenue dans les années 1990 la rue de l'Apôtre Jacques.