L'église de Grégoire le Théologien a été construite dans les années 1670 sur le territoire du jardin métropolitain. Auparavant, au 16ème siècle, se trouvaient ici les palais du monastère de Grégoire, qui a été supprimé au 17ème siècle lors de la construction de la nouvelle résidence archiépiscopale. La nouvelle église a été érigée sur l'ancienne fondation et s'est harmonieusement intégrée dans le panorama du Kremlin de Rostov.

L'ornementation initiale de l'église a été perdue à la suite d'un incendie en 1730. On ne sait pas si l'église de Grégoire le Théologien existait au 17ème siècle. Comme d'autres églises de la maison archiépiscopale de Rostov, elle était décorée de fresques.

Dans les années 1740, sous l'archevêque Arsène, l'intérieur du temple a été décoré de stuc et de peinture à la colle sur le plafond. Les murs verdâtres à l'intérieur sont séparés par des pilastres cannelés, entre lesquels se trouvent des stucs avec des motifs floraux, des cartouches et des coquilles. Ces formes sont réalisées avec un goût décoratif et un tempérament qui trahit la main d'un maître du peuple.

Dans les cartouches sont représentées des scènes évangéliques : sur le mur occidental, la Préparation, l'Annonciation, la Conversation avec Nicodème ; sur le mur sud, l'Entrée à Jérusalem ; sur le mur nord, la Naissance de la Mère de Dieu ; dans le tambour, la Patrie ; dans l'autel, la Cène, Sabaoth, la Prière dans la coupe.

En 1884, l'intérieur de l'église a été rénové dans le style russe par l'atelier de N.M. Safonov. La restauration a été réalisée grâce aux fonds du paysan I.A. Roublev sous le contrôle de la Société archéologique de Moscou. Pendant la restauration, la peinture dans les cartouches a été modifiée. Sur le mur occidental sont apparus des emblèmes : le Sermon sur la montagne, l'Expulsion des marchands du temple, la Nourriture de dix mille avec dix pains. Sur le mur oriental est représenté Antoine le Romain, naviguant sur une pierre de Rome à Novgorod. Les appuis de fenêtre sont décorés d'un ornement herbacé dans le style russe, composé de pousses vertes et rouges sur fond jaune. Le motif herbacé couvre les murs et les voûtes du temple, le porche et les vestibules. Des cadres ornés avec des vitraux colorés ont été insérés dans les fenêtres.

Dans les années 1880, un nouvel iconostase a été installé dans l'église, décoré de sculptures dorées sur fond rouge. Les portes royales de l'iconostase ont été fabriquées par le sculpteur de Rostov Nikolski d'après le modèle des portes royales de l'église de la Théologie sur l'Ishne. Ces portes ont été transférées à l'église d'Ishne, tandis que les portes uniques de l'église de Jean le Théologien, sculptées en 1562 par le moine Isaïe, se trouvent maintenant dans l'exposition du musée de Rostov.

Toutes les icônes de l'iconostase à cinq niveaux ont été créées dans les années 1880 par des maîtres de l'atelier de Safonov, y compris des maîtres locaux. Parmi elles, la Mère de Dieu avec les saints Antoine et Théodose, le Tout-Puissant avec l'Évangile, Étienne de Perm dans sa vie, Grégoire le Théologien, la Sainte Élisabeth, la Conception de Jean le Précurseur.