La iglesia de San Francisco, el primer templo ortodoxo en Vilna, fue construida en 1345 por iniciativa de María Yaroslavna, esposa del gran duque lituano Olgerd. En la época pagana, los príncipes lituanos a veces adoptaban el cristianismo, pero solo temporalmente, hasta contraer matrimonio con princesas cristianas. Después de las ceremonias nupciales, volvían a los ritos paganos. Incluso aquellos que aceptaban sinceramente el cristianismo no obligaban a sus súbditos a cambiar de fe.

El príncipe Olgerd era una persona tolerante, pero su esposa cristiana se sentía incómoda en Lituania. Ella buscaba fortalecer el cristianismo en el país. Cerca del castillo había un santuario al dios Ragutis, que la princesa odiaba especialmente. Logró convencer a su esposo de destruir ese santuario y construir en su lugar una iglesia cristiana. Así nació el templo de Santa Paraskeva, el primero en Lituania.

Después de que Lituania se convirtió al catolicismo, los templos ortodoxos cayeron en decadencia. Sin embargo, la iglesia de San Francisco fue preservada y restaurada después de incendios gracias a su estatus especial. A principios del siglo XVIII ocurrió un evento importante que salvó al templo del olvido. Durante la Guerra del Norte, el zar Pedro el Grande, al obtener victorias, visitaba la iglesia para oficiar misas de agradecimiento. En Lituania, él bautizó a un niño etíope llamado Ibrahim, que le fue regalado. El rito se llevó a cabo en la iglesia de San Francisco, ya que era el único templo donde se celebraban servicios ortodoxos.

Los padrinos de Abram Petrovich Gannibal fueron el zar Pedro y la reina de Polonia. Este acto diplomático podría haber pasado desapercibido si no fuera porque, cien años después, el bisnieto de Abram Petrovich se convirtió en el gran poeta Alexander Sergeyevich Pushkin.

Hoy en día, la iglesia es interesante por su arquitectura exterior, que combina el estilo bizantino con las corrientes de moda del siglo XIX. En el interior del templo no hay nada notable, ya que fue prácticamente reconstruido hace unos 130 años.