El monasterio de San Pedro en Mtsensk fue fundado en el lugar del antiguo Pequeño fuerte de la fortaleza de Mtsensk. Se considera que es uno de los monasterios más antiguos de la región de Orel y, según la tradición, fue fundado en el siglo XII. Sin embargo, es más probable que su fundación se remonte a principios del siglo XVI, cuando Mtsensk pasó a formar parte del Estado de Moscú en 1500. Originalmente, el monasterio se llamaba monasterio de San Pedro.

En 1694, el monasterio de San Pedro fue trasladado a un nuevo lugar río abajo del río Zusha y pasó a llamarse monasterio de San Pedro y San Pablo. La construcción del monasterio en el nuevo lugar, en tierras donadas por los nobles Protasov (actualmente en el área de la estación de tren), comenzó en 1695. El igumen Germán fundó la catedral de Pokrov con una capilla dedicada a los santos apóstoles Pedro y Pablo, cuya construcción continuó a principios del siglo XVIII. Gracias a los esfuerzos de los donantes y los monjes, para mediados del siglo XVIII el monasterio fue completamente reconstruido y embellecido. Según el inventario de 1764, en su territorio había dos iglesias: la catedral de Pokrov y la de la Presentación del Señor, así como las celdas del abad y los monjes, un granero, un almacén y una bodega. El monasterio estaba rodeado por un muro de ladrillo de aproximadamente 350 metros de longitud con torres y puertas, construido por los esfuerzos de la igumen Anfisa y el igumen Teodulo. Fuera del muro había un jardín, huertos y un patio de servicio. El monasterio poseía la aldea de Igumnova Slobodka con 74 campesinos.

En el monasterio funcionaban dos escuelas, donde estudiaban 151 niños. Era una de las primeras instituciones educativas en la región de Orel. Aunque oficialmente no había un asilo, el monasterio mantenía a dos soldados mutilados, participantes en las guerras con Turquía y Prusia. En 1764, las propiedades del monasterio fueron confiscadas y fue excluido del estado. En 1819, tras la transferencia de la sede episcopal de Sevsk a Orel, el monasterio fue incluido en el estado, y a sus abades se les otorgó el rango de archimandritas.

A finales del siglo XVIII y en la primera mitad del siglo XIX, se llevaron a cabo construcciones activas en el monasterio que cambiaron su apariencia. Se construyó la iglesia de Znamenskaya de ladrillo (1813-1821), una enorme campanario (1807), se renovaron o reconstruyeron casi todos los edificios del monasterio, y se rehizo el muro. La catedral de Pokrov fue decorada, los iconostasios renovados, y en el lugar del antiguo campanario se organizó en 1809 un pórtico con sacristía y biblioteca. Junto a la catedral se formó un cementerio, donde se enterraron a los donantes del monasterio y ciudadanos respetados. Aquí fueron enterrados los Protasov, los Jovanovski, los Menshikov, los Yusupov y otros, así como muchos monjes y abades. En 1891, aquí fue enterrado el general N. A. Beliy. En 1839 y 1846, el monasterio fue habitado por el hieromonje Melquisedec, cuya actividad ascética fue la base para la propuesta de su canonización en 1918, pero no se llevó a cabo debido a los tiempos difíciles para la Iglesia Ortodoxa Rusa.

Las principales reliquias del monasterio eran cuatro íconos milagrosos: el de Cristo Salvador, el de la Madre de Dios de Tolga, el de la Madre de Dios de Kursk y el de la Madre de Dios de Tikhvin. En la biblioteca del monasterio se conservaban un Evangelio manuscrito del siglo XV, un Trefologio de 1638 y un Evangelio de 1694.

El monasterio fue cerrado en 1923. En la década de 1930, se utilizó como prisión para campesinos despojados y ha llegado hasta nuestros días en un estado muy deteriorado. Se han conservado la iglesia de Znamenskaya (sin remates), el cuerpo de celdas y los restos del muro. Del antiguo monasterio de Pokrov solo han sobrevivido las absides del altar.