Sobre las puertas sagradas del monasterio, orientadas hacia el río Sera, se encuentra la iglesia del gran mártir Teodoro Estratilata. El templo fue consagrado en honor al patrón celestial del fundador del monasterio, el zar Teodoro Alexéyevich, y construido en el último año de su vida. Esto lo atestigua la inscripción en el iconostasio sobre la imagen del Salvador: «Rey celestial, fortalece a nuestro rey piadoso y al Gran Príncipe Teodoro Alexéyevich, establece la fe, pacifica el mundo y conserva bien este santo monasterio». El primer antimensio del templo, enviado desde Moscú, fue consagrado el 15 de mayo de 1682, tras la muerte del zar. El constructor del templo, el anciano Cornelio, no vivió para la consagración. En su memoria, en la puerta diaconal sur, se representó la imagen del mártir archidiácono Eúplio, en el día de su memoria falleció el padre Cornelio.

El templo, ubicado sobre las puertas sagradas, es parte del lado oeste del muro de ladrillo del monasterio. La parte central del templo se destaca por su alto volumen en comparación con los atrios norte y sur, cada uno de los cuales está coronado por un tambor con una cúpula y una cruz. La fachada oriental, orientada hacia el monasterio, está decorada con ventanas con marcos ardientes y un nivel de arcos. La fachada occidental, orientada hacia el río, tiene estrechas y altas ventanas de saeteras y está adornada con un ligero friso de arquerías, característico de la arquitectura de la Rusia de Vladímir-Suzdal. En el interior, cada parte del templo está cubierta por bóvedas con conexiones metálicas, la parte central se eleva en dos escalones, y el suelo era de ladrillo. En las puertas sagradas desde el oeste se dispuso una plataforma de piedra blanca. En el arco central había puertas de madera con pinturas: «imagen del Señor Todopoderoso con la Santísima Madre y Juan el Bautista y los apóstoles, en las puertas pintadas la pintura del juicio final, y a la derecha y a la izquierda en las paredes estaban pintados los arcángeles Miguel y Gabriel», según el inventario de 1764. En los arcos laterales había dos puertas de paso. A principios del siglo XIX, se cerró el arco sur, donde también había una escalera al templo, se reforzó el templo con contrafuertes, se reemplazó el techo de tablones por uno de hierro, y las ventanas de mica por ventanas de vidrio. En la entrada del templo, en la hendidura de la cerca, desde el siglo XVII había un icono milagroso de la Virgen de Kazán con una lámpara inextinguible. En 1923, el templo fue cerrado, pero en 1992, con la resurrección del monasterio, fue devuelto a la comunidad. Tras la restauración y la instalación de un nuevo iconostasio en 1993, la iglesia fue nuevamente consagrada. Ahora se celebran en ella liturgias nocturnas, confesiones y tonsuras de monjes. Junto a las puertas se construyó una celda de piedra conocida como «la tienda de vigilancia». Durante un tiempo, allí vivió el venerable Cornelio, quien luego se trasladó a una casa fuera de los muros del monasterio, pero continuó viniendo aquí para comunicarse con las hermanas. Más tarde, en la celda vivieron monjas porteras. Ahora la celda del venerable Cornelio ha sido restaurada, y en la entrada se ha colocado una pequeña exposición sobre la historia del monasterio.