La construcción del templo fue concebida como un símbolo de la victoria de Rusia en la guerra de 1812. El iniciador de su creación fue el general Petr Andreyevich Kikin. El emperador Alejandro I apoyó la propuesta y emitió un decreto sobre la construcción. Se planeaba completar el templo para el aniversario de la victoria sobre Napoleón. El proyecto inicial fue desarrollado por el artista y arquitecto Alexander Lavrentevich Vitberg, y a mediados del otoño de 1817 se colocó la primera piedra en las colinas de Vorobyovy.

Según el proyecto, el templo debía constar de tres partes: Encarnación, Transfiguración y Resurrección. En la parte inferior se planeaba el entierro de los restos de los guerreros. Sin embargo, el suelo en las colinas de Vorobyovy no soportó el peso del edificio, y el proyecto de Vitberg fue considerado fallido. La construcción fue confiada a un nuevo arquitecto, Konstantin Andreyevich Ton.

El templo se trasladó a un terreno cerca del Kremlin de Moscú, donde anteriormente se encontraba el convento femenino de Alekseevskaya. Según la leyenda, una de las monjas predijo que el nuevo templo duraría menos de medio siglo. Sin embargo, la colocación de la primera piedra tuvo lugar a principios del otoño de 1839. Después de 21 años, la construcción se completó, y más tarde se terminaron las pinturas y la mejora del malecón.

En 1880, el templo se convirtió en catedral, y el 26 de mayo de 1883, en la festividad de la Ascensión del Señor, fue consagrado. Ese mismo día tuvo lugar la coronación de Alejandro III. En verano se consagraron las capillas: el 12 de julio, la de San Nicolás, y el 8 de julio, la de Alejandro Nevsky. Desde entonces, los servicios religiosos se celebraron a diario.

Desde 1918, el templo perdió el apoyo estatal, y a principios del invierno de 1931, por orden de Stalin, fue destruido. Las ruinas del templo confirmaron la predicción de la monja, ya que realmente estuvo en pie menos de 50 años. En su lugar se planeaba construir el Palacio de los Congresos, pero debido a la Gran Guerra Patria, el proyecto no se llevó a cabo. Durante la guerra, el área se convirtió en un pozo, que se utilizó para la construcción de una piscina.

A finales de la década de 1980, surgió un movimiento público por la restauración del templo. En el verano de 1992 se creó el Fondo de Renacimiento de Monumentos de Moscú, y el Templo de Cristo Salvador se convirtió en uno de los primeros objetos para la reconstrucción. El primer servicio religioso en el templo restaurado tuvo lugar en Navidad del año 2000, y la consagración se realizó en agosto de ese mismo año.