El templo de la Protección, construido de ladrillo, fue erigido en 1754 en el lugar de la iglesia de madera más antigua de la ciudad, levantada antes de 1667. Los investigadores señalan que en la antigüedad había un cementerio junto a la catedral de la Protección en el kremlin. En el siglo XVII, había dos iglesias de madera aquí: la de la Protección y la de Alexio. En 1678, la iglesia de Alexio "está vacía sin canto, y los sacerdotes de la catedral no ofician en ella", y pronto fue desmantelada. Después de esto, los feligreses de la iglesia de la Protección continuaron honrando la memoria del Santo Alexio, Hombre de Dios. En la catedral de la Resurrección se guardaba el antimins de la destruida iglesia de Alexio con la inscripción de su consagración en 1647. Hasta principios del siglo XIX, cerca de la iglesia de verano de la Protección de 1754, a 50-70 metros al oeste, se encontraba la iglesia de piedra de Juan Bautista de 1773, desmantelada en 1814 por su deterioro. En su lugar se erigió una capilla, destruida durante la revolución. Después de la reconstrucción de 1814-1816, el templo tenía tres altares: el principal de la Protección, así como los laterales de Juan Bautista y del Gran Mártir Teodoro Estratilata, en una amplia sala de comidas construida en esos mismos años. Hasta principios de la década de 1990, en las nichos a ambos lados de la entrada principal se conservaban restos de frescos con imágenes de Juan Bautista y Teodoro Estratilata.

El campanario fue erigido entre 1814 y 1816. Su aguja fue revestida con hojalata inglesa y dorada. La gran campana, que posee un tono "aproximadamente sonoro", fue fundida gracias a los esfuerzos del ciudadano honorario F.G. Popov. El campanario y las cúpulas de la iglesia de la Protección, junto con los campanarios y cúpulas de las iglesias vecinas, formaban un único conjunto arquitectónico. Entre 1814 y 1816, se modificó la fachada del templo, y con los fondos de F.I. y A.I. Kornilov se añadió una nueva sala de comidas con campanario. En 1848, gracias a los esfuerzos de I.N. Kornilov, se construyó una valla con una tienda de la iglesia en la esquina suroeste. Bajo los lugares donde se había caído el yeso, se pueden ver los restos de los marcos originales en el estilo barroco naryshkin con frontones figurativos. El alto espacio del cuadrado principal, cubierto con una bóveda cerrada, contrasta con los bajos ábsides, que tienen bóvedas cilíndricas que pasan a conchas, y la sala de comidas original con una bóveda de medio cañón. La nueva sala de comidas con cuatro columnas cruciformes está cubierta por un sistema de bóvedas de arcos elevados sobre arcos de soporte, con canales en las esquinas redondeadas. En el cuadrado y la antigua sala de comidas se han conservado fragmentos de la pintura al temple de 1812, realizada en las tradiciones de la segunda mitad del siglo XVIII. Sobre la entrada al pórtico, a principios del siglo XX, había una imagen de la Protección de la Madre de Dios, y a ambos lados de las puertas de entrada, por fuera, el Santo Juan Bautista a la derecha y el Gran Mártir Teodoro Estratilata a la izquierda.