La historia de la formación de Cherdakly se remonta al siglo XVII. El asentamiento de Cherdakly fue fundado en 1688 por tártaros al servicio. En 1699, tras la fundación de la aldea de Urenbash, los tártaros de Cherdakly se dirigieron al gran soberano con una solicitud de reubicación, y su petición fue satisfecha. Las tierras liberadas fueron ocupadas por 97 extranjeros. Con el tiempo, Cherdakly se convirtió en un lugar de mayoría rusa y de fe ortodoxa.

A pesar de esto, como muestran los documentos de archivo, durante mucho tiempo no hubo una iglesia propia en el asentamiento. Solo en 1780 se abrió una iglesia ortodoxa en la aldea de Cherdakly en honor a la Intercesión de la Santísima Virgen.

En 1889, el clero de la aldea de Cherdakly solicitó la construcción de una nueva iglesia de piedra para 1100 personas debido a la falta de espacio en la antigua de madera. La construcción duró seis años, y el 20 de septiembre de 1895 se consagró una nueva iglesia de piedra de dos altares en honor a la Intercesión de la Santísima Virgen y al Santo Nicolás el Milagroso.

En 1910 se desarrolló el proyecto de otra iglesia de piedra en honor al Santo Nicolás el Milagroso, pero la revolución de 1917 y la posterior guerra civil impidieron la realización de estos planes.

El 10 de abril de 1937, la iglesia de la Intercesión fue cerrada y permaneció cerrada durante 21 años. En 1958, a pesar de las protestas de los creyentes, la iglesia fue destruida. Para obtener el permiso de demolición, se informó que aparecieron grietas en el edificio, y para confirmar esto, se bajaron gruesas cuerdas de las cúpulas y se tomaron fotografías. Las tumbas en el territorio de la iglesia fueron destruidas y profanadas.

En 1990, se creó una comunidad religiosa ortodoxa en Cherdakly. A petición de esta, la administración del asentamiento asignó el antiguo hogar del sacerdote, donde anteriormente funcionaba una posada, para la iglesia.

El 21 de noviembre de 1991, se celebró la primera Divina Liturgia en la iglesia renacida. El primer párroco fue el protoierey Nikolai Gumenyuk, quien contribuyó al renacimiento de la vida ortodoxa en el asentamiento. Se añadieron un altar y un campanario al edificio principal del antiguo hogar del sacerdote.

El 28 de octubre de 2001, el arzobispo de Simbirsk y Melekesky, Prokl, consagró solemnemente el altar de la iglesia en honor a la Intercesión de la Santísima Virgen.