Muchos años en el lugar de la futura iglesia había un terreno vacío, donde estaba el pasto urbano. Más tarde, aquí apareció una capilla, cuyo iniciador fue el comerciante cheliabinsko Kutyrev. Los fondos para su construcción se recaudaron durante mucho tiempo. La capilla fue construida en memoria del zar Alejandro II, asesinado por los narodovoltsy, y Alejandro Nevski era su santo patrón.

Después de la apertura del ferrocarril Samara-Zlatoust, la ciudad comenzó a desarrollarse rápidamente y la población creció. Se decidió reconstruir la capilla en iglesia, pero nuevamente surgieron dificultades con la financiación. La cuestión de la apariencia arquitectónica del edificio fue resuelta: el proyecto de la iglesia fue realizado por el académico A.N. Pomerántsev, conocido por sus trabajos, como el proyecto de los Altos Pasajes Comerciales en Moscú, hoy GUM.

A pesar de la falta de fondos, el 22 de junio de 1907 se colocó la primera piedra del templo. Dinero para la construcción fue donado por diversas organizaciones y particulares, incluyendo a Nicolás II. La donación más grande fue hecha por el molinero cheliabinsko M.P. Arjípov. El altar principal fue consagrado el 4 de diciembre de 1911, y de los dos altares laterales, solo se completó y consagró el derecho, en nombre de San Nicolás el Milagroso, ya que nuevamente no hubo suficientes fondos. La iglesia, construida de ladrillo rojo, tiene un piso con sótano. Las pinturas interiores fueron realizadas por el taller de V.I. Oshipkov.

En 1922, se retiraron todos los valores de la iglesia, se quitaron las cúpulas, cruces y la tienda del campanario. En 1930, la iglesia fue cerrada.

Más tarde, aquí se ubicaron: el taller de la imprenta "Cheliabinski Rabochi", una galería de arte, un planetario, un club de ajedrez. A principios de la década de 1980, el edificio fue transferido a la Filarmónica de Cheliábinsk.

Para el 250 aniversario de Cheliábinsk, el templo fue restaurado. Para ello, se encontraron los planos de Pomerántsev. El arquitecto K. Gusárov realizó un trabajo meticuloso, renovando la fachada y restaurando la tienda y las cúpulas. Para el milenario de la Cristiandad de Rusia se instalaron las cruces. Las cruces doradas de la iglesia de Alejandro Nevski se convirtieron en las primeras en la región de Cheliábinsk después de un largo período de destrucción de iglesias.

El interior del edificio se transformó: las paredes fueron decoradas con paneles de mármol, jaspe, serpentina, labradorita, y los paneles y pisos se hicieron de madera maciza. Se restauraron los marcos y puertas de las ventanas originales. El edificio fue remodelado teniendo en cuenta la instalación de un órgano, incluyendo un sistema de aire acondicionado especialmente diseñado. En 1987 se instaló un órgano, fabricado por la empresa alemana "Hermann Oyle". Cuenta con 2504 tubos, 37 registros, tres manuales y un teclado de pedal. El órgano recibió altas calificaciones de la comunidad musical y se convirtió en uno de los mejores en Rusia y Europa. La sala de conciertos, con capacidad para 300 espectadores, jugó un papel importante en la vida musical de la ciudad.

Desde la década de 1990, se discutió el regreso del edificio a los creyentes. En agosto de 2011, a pesar de las protestas de la comunidad musical y los ciudadanos, el edificio fue transferido a la Iglesia Ortodoxa Rusa. El último concierto en la sala de conciertos se llevó a cabo el 27 de noviembre de 2013. El órgano fue trasladado al edificio del antiguo cine "Rodina".

Desde 2014, el templo está en funcionamiento, se llevan a cabo servicios, se realizan trabajos de reparación, se restaura la decoración interior y la planificación original. Desde noviembre de 2016, comenzaron los trabajos de emergencia para reforzar los cimientos y detener su hundimiento. El proyecto de restauración fue desarrollado por científicos de Ekaterimburgo y Moscú. Durante dos años se realizaron investigaciones, y el 12 de agosto de 2016 se obtuvo el permiso para llevar a cabo trabajos de emergencia y demolición del Comité Estatal de Protección de Objetos del Patrimonio Cultural de la Región de Cheliábinsk.

En la siguiente etapa, los constructores restaurarán las conexiones aéreas entre los arcos, lo que puede ser la causa de la deformación del edificio. Se planea restaurar todas las conexiones aéreas en los vanos arqueados o crear nuevas antes de fin de año. El próximo año se prevé la reparación del techo, la demolición de tabiques y paredes en el sótano, la reconfiguración del espacio, la creación de impermeabilización y la instalación de un sistema de drenaje perimetral alrededor del edificio. Esto protegerá la base de la iglesia de los efectos destructivos de las aguas subterráneas.

La restauración del templo tomará de dos a tres años. La financiación de los trabajos es proporcionada por un inversor privado. Los servicios en el templo continúan, siempre está abierto para los creyentes.