El edificio en la calle Konyushkovskaya está relacionado con la actividad de las primeras sociedades de ciencias naturales en Rusia. En 1857, por iniciativa del profesor de la Universidad de Moscú A. P. Bogdanov y bajo el patrocinio de la familia imperial, comenzó a funcionar la Sociedad de Aclimatación. En 1864, recibió el nombre de Sociedad Imperial Rusa de Aclimatación de Animales y Plantas. La principal tarea de la sociedad era crear el primer zoológico en la ciudad. Inicialmente se planeó ubicarlo en el Jardín Neskuchny, pero luego, por decisión del emperador, el complejo se estableció en la zona del estanque superior de Presnya, donde se encuentra hoy. Alrededor del estanque inferior de Presnya, que en ese momento estaba situado entre las calles Upper Prudovaya (hoy calle Konyushkovskaya) y Lower Prudovaya, se planeó organizar un jardín botánico, pero su creación fue menos exitosa. En 1892, en el territorio del jardín botánico inacabado, se llevó a cabo la segunda Exposición Botánico-Aclimatizadora de toda Rusia.

La mayoría de los pabellones de la exposición eran estructuras temporales de madera, que se planeaba desmantelar después de su finalización. La excepción fue el pabellón del departamento educativo, construido con fondos del conocido farmacéutico moscovita V. K. Ferreyn, que era el único edificio de ladrillo. Se le añadió un muro de piedra para darle un aspecto más elegante a la exposición. Los visitantes comentaron que el pabellón era "sólido, rojo, en estilo greco-egipcio" y lo describieron como "templo de la ciencia". La fachada principal, realizada en estilo neoclásico y adornada con escultura, estaba orientada hacia el agua, desde donde se tenía la mejor vista del edificio. La exposición del pabellón era inusual: las ventanas estaban sombreadas con diapositivas de fragmentos de plantas ampliados bajo el microscopio, en las salas había cajas con restos de plantas antiguas, se exhibían utensilios chinos y colecciones botánicas, y en las paredes colgaban pinturas chinas. También se mostraban los más recientes instrumentos para investigaciones científicas.

Ferreyn tenía la intención de destinar el edificio a un museo botánico y después de la exposición lo donó a la sociedad. Pronto se decidió utilizarlo para una estación bacteriológica y agronómica, donde se establecieron un laboratorio fitobacteriológico, fundado por Ferreyn, y un laboratorio fitoparasitológico bajo la dirección del profesor V. A. Tikhomirov. Los círculos científicos consideraron que la creación de la estación fue un importante resultado de la exposición.

La fecha oficial de apertura de la estación se considera el 1 de septiembre de 1864; esta fecha, grabada en números romanos, complementó la inscripción en latín "Para la investigación de la naturaleza" sobre la entrada. Con fondos de Ferreyn se adquirió el equipo necesario, y más tarde el estado otorgó una subvención para el funcionamiento continuo de la estación. A principios del siglo XX, en busca de fondos para mantener el zoológico de Moscú, la sociedad se vio obligada a alquilar todos sus edificios en la zona del estanque inferior de Presnya, excepto la estación. Posteriormente, para saldar deudas, todas las tierras fueron devueltas a la administración del palacio, excepto la estación.

Los contemporáneos recordaban que del jardín solo quedaban recuerdos, y alrededor de la estación crecieron construcciones miserables. La vista de la estación desde el estanque también se vio afectada, ya que parte del estanque fue rellenada. Como resultado, el edificio de la estación botánica perdió su ubicación libre en el conjunto paisajístico y se convirtió en parte de la construcción ordinaria de la calle Upper Prudovaya, renombrada alrededor de 1913 como Gran Konyushkovskaya. El cuerpo del edificio se retiraba de la línea roja, recordando la construcción de las antiguas mansiones moscovitas.

Durante los eventos revolucionarios de 1905, el edificio sufrió daños por proyectiles, pero fue parcialmente reparado a expensas del estado. Desde 1907, la estación amplió su volumen de trabajo y su personal. Para su alojamiento, en 1908 se construyó un ala de piedra en el territorio de la estación. En los primeros años del poder soviético, la estación estuvo bajo la supervisión del Narcomzem y hasta hace poco mantuvo funciones de institución científica.

La construcción del conjunto del pabellón de Ferreyn se ha conservado bien hasta nuestros días, sin embargo, el propio edificio de la estación botánica fue ampliado en la época soviética, y los esfinges, jarrones, retratos escultóricos y frisos de yeso que adornaban el edificio se han perdido.