El palacio del janato sirvió como residencia para la gran familia del janato y fue el centro del poder estatal, lugar de justicia y toma de decisiones que influían en los destinos de Europa del Este. Durante dos siglos y medio, aquí vivieron y gobernaron representantes de la dinastía Geraev. El palacio no pertenecía personalmente a ningún janato, sino que era un patrimonio familiar de toda la dinastía gobernante.

Su construcción comenzó a principios del siglo XVI bajo el janato Sahib I Gerae, al mismo tiempo que se erigía Bachisaray. Los edificios más antiguos del complejo, como la gran mezquita del janato y los baños de Sary-Güzel, datan de 1532. El portal Demir-Kapı, fechado en 1503, fue trasladado al palacio desde otro lugar.

Cada nuevo janato añadía algo propio a la arquitectura del palacio, dejando un recuerdo de sí mismo para las generaciones futuras. Originalmente, había un jardín urbano con columpios y quioscos, del cual se conservan estanques decorativos y fuentes. Sin embargo, la plaza fue concebida inicialmente como un espacio abierto para desfiles y celebraciones, cubierto de arena de río, sin árboles ni cuerpos de agua. Los jardineros crearon en las laderas terrazas con árboles frutales, que en el siglo XX se convirtieron en un cementerio militar.

Durante la guerra entre Rusia y el janato de Crimea, el palacio fue destruido, pero el capitán Manstein elaboró una descripción que permitió restaurar el edificio. En 1787, Catalina II visitó el palacio, y para su llegada, el príncipe Potemkin realizó reparaciones, añadiendo elementos de eclecticismo a los interiores.

Durante la guerra de Crimea, aquí funcionó un hospital que fue visitado por Nikolai Ivanovich Pirogov. En 1908, se inauguró un museo en el palacio, y en 1912, lo visitó Nicolás II con su familia. Después de la Revolución de Octubre de 1917, se abrió aquí un museo de historia y cultura de los tártaros de Crimea.

Desde 1955, el palacio se convirtió en el Museo Histórico-Arqueológico de Bachisaray, y desde 1979, en el museo histórico-arquitectónico. En la década de 1930, bajo la dirección del arquitecto P.I. Golandsky, se realizaron reparaciones, durante las cuales se blanquearon las decoraciones exteriores del palacio. En 1961 y 1964, se llevó a cabo una restauración científica que devolvió al palacio su apariencia original.

Desde octubre de 2015, el palacio del janato ha sido reconocido como un objeto de patrimonio cultural de importancia federal.