Die Pokrowski-Kirche wurde außerhalb der Festung, neben ihrer Nordwand, erbaut. Der Tempel wurde von Kosaken errichtet, die in einer kleinen Siedlung und auf einem Gehöft an der nordwestlichen Seite am Fluss Lopan lebten. Im Jahr 1724 zählte die Gemeinde nur 87 Gläubige mit ihren Familien. Die Namen der Gründer sind unbekannt, aber die Kirche wurde von Meistern gebaut, die die Volksarchitektur, den ukrainischen Barock und die Moskauer Architektur kannten. In ihrer Komposition ähnelt sie typischen dreischiffigen Holzkirchen der Ukraine mit einem freistehenden Glockenturm, hat jedoch zwei Etagen. Im Fundament des Tempels befindet sich ein Untergeschoss, das von einer Arkade umgeben ist. Im Untergeschoss befindet sich eine einschiffige Winterkirche zu Ehren der Drei Heiligen. Im oberen Stockwerk, das von einem Gully umgeben ist, befindet sich eine einschiffige Sommerkirche zu Ehren der Pokrowa der Heiligen Gottesmutter, die ursprünglich nicht beheizt war. Im Keller wurde später eine Gruft für die lokale Aristokratie eingerichtet. Der zentrale achteckige Raum ist auf der Westseite mit dem sechseckigen Altarbereich verbunden, auf der Ostseite mit einem gleichartigen Vorraum. Die achteckigen Türme des oberen Tempels sind durch Gesimse in Etagen unterteilt und enden mit Kuppeln mit Kreuzen. Die Höhe des Tempels im zentralen Teil beträgt 48 m. Die Außenwände sind mit Gesimsen mit zahnförmigen Zierleisten geschmückt, die Ecken sind mit Halbsäulen auf Konsolen akzentuiert. Die Fensteröffnungen sind mit Rahmen und Säulen sowie figürlichen Sandriken umrahmt. Im Inneren des oberen Tempels schafft der helle Raum von drei Kammern, die durch Bogenöffnungen verbunden sind, einen schönen Effekt. Der gleichzeitig mit der Kirche errichtete Glockenturm war durch eine Galerie mit ihr verbunden. Er ist achteckig, vierstöckig, mit einem Keller und erinnert an einen Verteidigungsturm. Den Abschluss bildet die Glockenebene, über der sich ein steinerner Zeltdach mit Fenstern und eine kleine Kuppel mit einem Kreuz erhebt.

Im Jahr 1709 wurde auf Befehl von Peter I., der Charkiw besuchte, die Festung nach Norden erweitert, und die Pokrowski-Kirche befand sich innerhalb ihres Territoriums. Das Grundstück um die Kirche gehörte dem Colonel Fedor Shidlovsky. Auf dem Grundstück standen Holzgebäude, und der Bau eines Steinhauses hatte begonnen. Im Jahr 1708 ging das Eigentum an Lawrenti Shidlovsky, dem Neffen von Fedor, über, und das Grundstück mit Garten und Gebäuden wurde Fürst Kantemir übergeben.

Im Jahr 1726 fand in der kulturellen Lebensweise von Slobozhanshchyna ein wichtiges Ereignis statt, das das Schicksal der Pokrowski-Kirche beeinflusste. In Charkiw wurde auf Initiative von Bischof Epiphanius Tikhorsky und Fürst M.M. Golitsyn das Heilige Pokrowski-Männerseminar mit einem Kollegium gegründet, der ersten Hochschule in der Linken Uferregion. Ab 1729 wurde die Kirche zur Klosterkirche und zum Kollegium. Sie wurde renoviert, geschmückt und mit kirchlichem Gerät ausgestattet. Im Jahr 1732 wurde im Glockenturm eine Glocke mit einem Gewicht von 1,6 t installiert. In den Jahren 1799-1800 wurde die obere Kirche zur Kathedrale umgewandelt, während die untere weiterhin als Kollegiumskirche diente. In der Sakristei wurden viele kirchliche Denkmäler, Evangelien, Kreuze, Kerzenhalter und andere Dinge aufbewahrt. In der Gruft wurden Geistliche und angesehene Bürger beigesetzt.

In den Jahren 1820-1826 wurde beim Bau des neuen Erzbischöflichen Hauses zwischen diesem und dem Tempel ein Übergang und eine Speisehalle errichtet, die den Tempel mit dem Glockenturm verband. Im Jahr 1837 wurden die Kuppeln und Kreuze vergoldet. Im Jahr 1846 wurde die Uspenskaja-Kirche erneut zur Kathedrale, zu der ein Glockenturm angebaut wurde, während die Pokrowski-Kirche zur Hauptkreuzkirche des Erzbischöflichen Hauses wurde. In den Jahren 1844-1856 wurde sie bemalt und mit einer Heizung für warme Luft ausgestattet. In den Jahren 1872-1874 wurde die Speisehalle erweitert, die Treppe zum zweiten Stock umgebaut und Chöre eingerichtet.

Im 19. und zu Beginn des 20. Jahrhunderts wurden im Kloster neue Gebäude errichtet und das Gelände verschönert. Es wurden die Ozerjanskaja-Kirche, ein basilikanartiges Gebäude neben der Pokrowski-Kathedrale, das Haus des Vorstehers mit dem Haupttor, die ehemalige Konsistenz, ein Gebäude mit Zellen und einer Speisehalle sowie Wohnungen für hochrangige Geistliche, eine Kapelle mit einem Hintertor und mehrere Wohn- und Dienstgebäude errichtet.

Zu Beginn der 1920er Jahre wurde das Heilige Pokrowski-Kloster geschlossen. In seinen Gebäuden wurden Museen und Organisationen untergebracht. Die Pokrowski-Kirche wurde unsachgemäß genutzt und zerfiel. Der erste Restaurierungsversuch wurde in den 1950er Jahren unternommen, er hatte kosmetischen Charakter, rettete aber den Tempel vor dem Untergang. In den 1960er Jahren wurde beschlossen, den Tempel in der Form des 17. Jahrhunderts wiederherzustellen, Teile, die im 19. Jahrhundert hinzugefügt worden waren, wurden abgerissen: die Speisehalle und die Übergänge zum Erzbischöflichen Haus und zur Ozerjanskaja-Kirche.

Im Jahr 1992 wurde der Komplex des Heiligen Pokrowski-Klosters der Kirche zurückgegeben. Die Gebäude und Architekturdenkmäler auf seinem Territorium wurden übertragen. Nach Vereinbarung mit der Diözesanverwaltung werden die Räumlichkeiten von Organisationen und für Wohnungen genutzt. Die Restaurierungsarbeiten an der Pokrowski-Kirche, in der der Gottesdienst in der unteren Kirche wieder aufgenommen wurde, gehen weiter. Das neue Wiederherstellungsprojekt sieht die Rekonstruktion der zuvor abgerissenen Teile vor.