Die Idee, einen Tempel im Dorf der Brückenbauer zu errichten, entstand im zweiten Jahr des Baus der Eisenbahnbrücke über den Ob. Die Entscheidung zu seinem Bau wurde am 10. Oktober 1895 auf einer Versammlung der Dorfbewohner getroffen. Sie beschlossen, sich an den tomschen Bischof Makarius zu wenden mit der Bitte, die "Kneipen und Bordelle" zu schließen und stattdessen eine Kirche im Namen des heiligen Alexander Newski zu bauen. Der Tempel sollte als Denkmal für Kaiser Alexander III. dienen, den Inspirator des Baus der Großen Sibirischen Eisenbahn, "von ihm selbst erdacht und gegründet". Man entschied, ihn in der Nähe der Eisenbahnbrücke zu errichten, an der Grenze, wo der Mittel-Sibirische Abschnitt der Eisenbahn begann.

Auf der allgemeinen Versammlung der Bevölkerung wurde beschlossen, das Dorf Kriwoshchekovski in Alexandrowski umzubenennen, zu Ehren des Baus der Kirche im Namen des heiligen glorreichen Fürsten Alexander Newski. Diese Bezeichnung wurde jedoch in keinem Dokument festgehalten, sondern nur im "Tomsker Informationsblatt" erwähnt. Später, viele Jahre später, plante die Stadtverwaltung von Nowonikolaewsk, zu Ehren des 50. Jahrestages der Befreiung der Bauern von der Leibeigenschaft ein Denkmal für Alexander II. gegenüber der Kathedrale von Alexander Newski auf dem Platz, der von der Kabinettstraße und dem Nikolausprospekt gebildet wurde. Zur Sammlung von Mitteln für den Bau der Kirche wurde eine Kommission unter der Leitung des Bauleiters des Straßenabschnitts Nikolai Mezhininov organisiert. Zu ihr gehörten die Ingenieure Berezin, Korolev, Livenzov, Link, der Bauer Wagin, der Kaufmann Zhernakov, der Förster Imshenetckiy, der Bürger Mozharov und andere.

Der Bau der Kirche erforderte erhebliche Ausgaben. Den größten Teil der Mittel stellte das herrschende Haus aus dem Fonds des Namens des Kaisers Alexander III. zur Verfügung, der von Kaiser Nikolai II. gegründet wurde. Die Gelder dieses Fonds wurden für den Bau von Kirchen in den Gebieten der Umsiedlungsbewegung entlang der Sibirischen Eisenbahn verwendet. Bis 1904 wurden 214 Kirchen im Gesamtwert von etwa zwei Millionen Rubel erbaut. Kaiser Nikolai II. spendete selbst fünftausend Rubel aus den Mitteln seines Kabinetts und stellte kostenlos 2.400 Quadratmaß Land für die Kirche zur Verfügung. Später fügte er weitere sechseinhalbtausend Rubel für den Bau der Kirche hinzu. Freiwillige Spenden leisteten Eisenbahner, Arbeiter, Straßenbauer und Kaufleute.

In dem Bewusstsein, dass der Bau der Kirche für 500 Personen mehrere Jahre in Anspruch nehmen würde, entschloss man sich, ein vorübergehendes hölzernes Gebetshaus zu eröffnen. Es wurde innerhalb eines Monats aus Spendengeldern gebaut, und der Altar wurde zu Ehren des heiligen Alexander Newski geweiht. Mit der Eröffnung der Kirche wurde das Gebetshaus aufgehoben. Der Standort ist unbekannt, es wird vermutet, dass an seiner Stelle eine Kirche zu Ehren der Schutzherrin der Heiligen Gottesmutter errichtet wurde. Im November 1898, noch bevor der Bau der Kathedrale von Alexander Newski abgeschlossen war, wurde im Dorf Nowonikolaewsk eine neue hölzerne Kirche im Namen des Propheten Gottes Daniel in der Nähe des Bahnhofs Ob geweiht, die zur ältesten Kirche des Nowonikolaewsker Dorfes wurde.

Ingenieur Nikolai Tikhomirov, der zuvor den Bau des letzten Brückenfeldes geleitet hatte, wurde mit der Leitung des Baus der Kathedrale von Alexander Newski beauftragt. Am 31. März 1897 wurde der "richtige" Verkehr über die Brücke eröffnet, und Tikhomirov wurde auf einen anderen Arbeitsabschnitt versetzt. Er war ein verantwortungsbewusster und gerechter Mensch, daher wurde ihm diese für ihn ungewöhnliche Aufgabe anvertraut. Seine Frau Maria Ananiewna erinnerte sich: "In allen verantwortlichen Momenten nahm er mich mit, lief durch das ganze Gebäude und sagte: 'Du wirst lange leben, schau, es wird keinen einzigen Riss geben, aber in Petersburg steht Isaak immer in Gerüsten'.

Am 15. Mai 1897 fand die Grundsteinlegung der Kirche statt. Bei der Andacht waren der Gouverneur von Tomsk, der Leiter des Altai-Bergbezirks, Ingenieur Mezhinin, der Bauleiter Ingenieur Tikhomirov und eine große Anzahl von Dorfbewohnern anwesend. Der Bau begann aktiv. Das Bandfundament der Kirche wurde aus natürlichem Bruchstein erstellt. Ursprünglich war geplant, die Wände aus hellen und dunklen Ziegeln zu errichten, aber diese Idee erwies sich als zu kostspielig, und man entschied sich für roten Ziegel. Die komplizierte Mauerarbeit wurde von italienischen Steinmetzen durchgeführt. Die Böden wurden auf Metallplatten verlegt, und die Fliesen für den Boden wurden speziell aus Holland importiert. Die Außenwände wurden weiß getüncht, und die Innenmalerei der Kirche wurde von den Ikonenmalern der ersten sibirischen Tomsker Werkstatt von Iossif Pankryshev ausgeführt.

Ende 1898 war der Mauerwerksbau abgeschlossen, und am 29. Dezember 1899 weihte der Bischof von Tomsk und Barnaul Makarius den Hauptaltar der Kathedrale von Alexander Newski. Im Jahr 1904 wurden die Seitenkapellen der Kirche im Namen des Heiligen Nikolaus und im Namen des heiligen Märtyrers und Siegers Georg geweihte. Die Kirche wurde nicht nur zum schönsten Gebäude des Dorfes, sondern auch zur größten kirchlichen Einrichtung entlang der gesamten Großen Sibirischen Eisenbahn.

Ein Jahr später starb der Bauleiter Nikolai Tikhomirov unerwartet an einer Gehirnblutung. Für seine Verdienste wurde er im Umkreis der Kirche beigesetzt. Auf seinem Grab wurde eine Granitplatte mit der Inschrift in goldenen Buchstaben angebracht: "Hier ruht der Leichnam des Bauleiters dieser Kirche, Tikhomirov Nikolai Michailowitsch".

Im Jahr 1971 entdeckten Arbeiter während der Bauarbeiten ein Grab mit dem Körper von Tikhomirov. Am 18. August 1971 beschloss das Exekutivkomitee des Stadtrats von Nowosibirsk, die Überführung der Überreste auf den Zaeltsovskoye-Friedhof vorzunehmen. Die Überführung wurde durchgeführt und vergessen. Nach Tikhomirov wurde keine Straße und kein Weg benannt, nur ein Abzweig in der Nähe der Station Chulymskaya.

In der Zeit der sowjetischen Herrschaft musste die Kirche schwere Zeiten durchstehen, obwohl sie nicht zerstört wurde. Im Jahr 1938 wurde die Kathedrale auf Beschluss des Stadtrats von Nowosibirsk geschlossen, die Glocken und Kreuze wurden abgerissen, der Glockenturm wurde zerstört. Während des Großen Vaterländischen Krieges war dort das Projektinstitut "Promstroyproekt" untergebracht. Das Gebäude wurde teilweise rekonstruiert: Fensterrahmen wurden ersetzt, eine Decke eingebaut, die Mauerwerksfassaden teilweise beschädigt. Die Malerei wurde vollständig zerstört. In den Jahren 1957-1958 wurde im ehemaligen Tempel das Westsibirische Studio für Kinochronik untergebracht, das das architektonische Denkmal erneut umgestaltete und beschädigte. Erst im September 1989 wurde das Gebäude auf Beschluss des Oblast-Exekutivkomitees der Diözese Nowosibirsk der Russisch-Orthodoxen Kirche zurückgegeben.

Im Jahr 1991 wurde die Kathedrale von Alexander Newski erneut von Seiner Heiligkeit Patriarch Alexius II. geweiht. Nach den Restaurierungsarbeiten wurde sie erneut zu einem der schönsten Gebäude, das die Gläubigen, Einwohner und Gäste von Nowosibirsk erfreut.