Erstmals schlug der Geobotaniker W. N. Sukatschow nach der Expedition von 1920 die Idee vor, eine permanente botanische Station in den Khibinen zu schaffen. Doch in den frühen 1920er Jahren fanden sich keine Mittel zur Umsetzung dieser Idee.

Im Jahr 1930 wurde dank der Initiative des Akademikers A. E. Fersman die Khibin-Bergstation der Akademie der Wissenschaften der UdSSR "Tiettа" gegründet, die später die Grundlage für das Kola-Wissenschaftszentrum wurde. Im selben Jahr arbeitete in den Khibinen ein botanisches Team unter der Leitung von S. S. Ganeshin, zu dem die Geobotaniker A. A. Kortschagin und M. V. Seljaninova-Kortschagina, der Bryologe O. F. Gaaße und der Lichenologe K. A. Rassadina gehörten. Ganeshin wurde mit der Organisation des Polarn-Alpinen Botanischen Gartens und der Erforschung der Flora der Region beauftragt. Doch am 30. August 1930 kam er in den Bergen aufgrund von Nebel und Schneesturm ums Leben. Im Sommer 1931 kam der junge Botaniker Nikolai Alexandrowitsch Awrorin an seine Stelle. Am 26. August 1931 wurde auf einer Sitzung der Forschungsteams sein Vorschlag zur Schaffung des ersten botanischen Gartens der Welt jenseits des Polarkreises unterstützt. Bereits im Oktober 1931 wurde der Polarn-Alpine Botanische Garten offiziell gegründet, und Awrorin wurde sein erster Leiter. Die Novembersitzung der Akademie der Wissenschaften der UdSSR bestätigte diese Entscheidung, und das Projekt umfasste Arbeitsrichtungen, die auch nach 90 Jahren aktuell sind.

In der Sommersaison 1932 führten die Mitarbeiter des Botanischen Gartens und der Expedition die ersten Pflanzungen von Pflanzen durch, die vom Botanischen Institut der Akademie der Wissenschaften der UdSSR erhalten wurden. 1933 wurde das erste Gewächshaus zur Vermehrung von Pflanzen gebaut. 1934 wurde eine Expedition zum Altai organisiert, und 1936 in die Ost-Sajan. In dieser Zeit wurden Sammlungsbaumschulen angelegt und ein ökologischer Pfad auf dem Berg Wudjavrchorr angelegt.

Bis zum Krieg studierten die Mitarbeiter des Gartens die Biologie der Pflanzen im Nordpolargebiet, identifizierten dekorative und winterharte Arten und inventarisierten die Flora der Region Murmansk. 1940 wurde der Polarn-Alpine Botanische Garten als einer der führenden botanischen Gärten der UdSSR anerkannt.

1941 bereitete Awrorin ein Handbuch zur Begrünung nordischer Siedlungen vor, und in der Region Murmansk begannen die ersten Pflanzungen von Pflanzen aus dem Garten. Mit dem Beginn des Krieges wurden die Arbeiten unterbrochen, und ein Teil der Mitarbeiter wurde nach Syktywkar evakuiert. Die verbleibenden Mitarbeiter unter der Leitung von Awrorin züchteten Nahrungs- und Heilpflanzen für die Front, entwickelten Methoden zur Verarbeitung von Beeren und schufen Technologien zur Gewinnung von Glukose aus Flechten. 1942 wurde der Biochemiker A. L. Kursanow nach Kirovsk entsandt, und zusammen mit N. N. Djakow entwickelten sie die Technologie zur Gewinnung von Glukose. Eine wichtige Leistung der Mitarbeiter war die Erhaltung der Sammlungs-Pflanzen und des Herbariums. Für die erfolgreiche Organisation der Arbeiten während des Krieges wurde Awrorin mit dem Orden "Roter Stern" ausgezeichnet.

1946 wurde der Botanische Garten eine eigenständige wissenschaftliche Einrichtung, und die Mitarbeiterzahl stieg auf 30. 1951 erhielt die Kola-Niederlassung der Akademie der Wissenschaften der UdSSR ein Grundstück für botanische Arbeiten, auf dem sich heute "Experimentelles Gelände des PABSI" befindet. Dies ermöglichte Forschungen unter verschiedenen Bedingungen.

1960 zog Awrorin nach Leningrad, und Direktor des Gartens wurde Roman Nikolajewitsch Schljakow, gefolgt von T. A. Kozupeeva, die bis 1986 leitete. 1967 erhielt der Garten den Status eines Forschungsinstituts, und seine Struktur umfasste vier Labore. 1981 wurde der Garten für seine Verdienste um die Entwicklung der botanischen Wissenschaft mit dem Orden "Ehrenzeichen" ausgezeichnet.

Von 1986 bis 1998 leitete G. N. Andrejew den Garten, und 1989 wurde ein neuer Gewächshauskomplex gebaut. 1998 wurde W. K. Schirow Direktor. 2002 erhielt der Garten den Namen N. A. Awrorin, und 2010 wurde das Hauptgewächshaus rekonstruiert.

Heute ist der Polarn-Alpine Botanische Garten-Institut N. A. Awrorin eine wissenschaftliche Forschungseinrichtung, die dem Ministerium für Wissenschaft und Hochschulbildung der RF unterstellt ist. Die Haupttätigkeitsbereiche umfassen die Einführung und Akklimatisierung von Pflanzen, die Erforschung der Flora und Vegetation arktischer und bergiger Gebiete, die Entwicklung wissenschaftlicher Grundlagen zum Schutz der Natur, Gartenbau und Begrünung sowie die Popularisierung wissenschaftlicher Kenntnisse.