Ursprünglich befand sich die Galerie im ersten Stock eines fünfstöckigen Wohnhauses in der Swerdlowskstraße. Seit 1982 befindet sich das Museum im Gebäude des ehemaligen Sibrewkoms. Ein Teil dieses Gebäudes, das 1926 von dem Architekten A. D. Krjatschkow erbaut wurde, ist ein Denkmal von republikanischer Bedeutung. 1948 wurde ein Anbau hinzugefügt. Bevor hier die Bildergalerie untergebracht wurde, befanden sich in dem Gebäude die regionalen und städtischen Komitees der KPdSU.

Neben dem Neuen Siberischen Kunstmuseum befinden sich im Gebäude das Wachsfigurenmuseum, das Neue Siberische Spielzeugmuseum und das Theater für künstlerische Puppen.

Der Grundstock der Sammlung des Museums besteht aus Exponaten, die Ende der 1950er und Anfang der 1960er Jahre von den Ministerien für Kultur der RSFSR und der UdSSR, der Tretjakow-Galerie, dem Staatlichen Russischen Museum, dem Pawlowsker Palast-Museum, der Permer Bildergalerie, dem Puschkin-Museum, dem Staatlichen Ermitage und anderen Museen Russlands übergeben wurden. Die ersten privaten Stifter des Museums waren P. E. Kornilow und W. M. Piwkin. In den 1960er und 1980er Jahren bildete das Museum aktiv seine Bestände.

Im Museum sind Ikonen des 16. und 20. Jahrhunderts der Moskauer Schule, des Stroganov-Stils, aus dem Wolga-Gebiet, der Ukraine, dem Ural und Sibirien vertreten.

Besonderes Interesse wecken die Volksikonen, die in Expeditionen durch die Region Nowosibirsk gesammelt wurden. Die Sammlung umfasst über 500 Objekte und besteht aus Ikonen, die vom Ministerium für Kultur der Russischen Föderation übergeben und von Privatpersonen erworben wurden.

Das Porträtgenre des 18. Jahrhunderts wird unter anderem durch das allegorische Gemälde von D. G. Lewizki „Katharina II., Gesetzgeberin im Tempel der Göttin der Gerechtigkeit“ repräsentiert, eine autorisierte Wiederholung des bekannten Gemäldes aus dem Russischen Museum.

Unter den Werken eines anderen herausragenden Künstlers des 18. Jahrhunderts, W. L. Borowikowski, befindet sich das „Porträt des Fürsten A. B. Kurakin“, eine verkürzte Version des Paradeporträts aus der Staatlichen Tretjakow-Galerie. Ein Beispiel für das historische Genre in der Akademie der Künste ist das Gemälde von W. J. Rodtschew „Apollon, der die Satyrn befiehlt, Marsyas an den Baum zu binden“. Unter den Werken der ersten Hälfte des 19. Jahrhunderts stechen die Arbeiten von W. A. Tropinin „Porträt des Fürsten A. S. Dolgorukow“, „Porträt eines Unbekannten“ sowie „Apostel Paulus“ von K. Brjullow hervor, das für die nicht erhaltene lutherische Kirche St. Peter in St. Petersburg geschaffen wurde. Das Salon-Porträtkunst des mittleren 19. Jahrhunderts wird durch die Gemälde von S. K. Sarjanko und I. K. Makarow repräsentiert. Die maritime Thematik spiegelt sich im Gemälde von I. K. Aiwazowski „Schiffe auf der Reede von Feodosia“ wider, während italienische Motive in den Landschaften von M. N. Worobjow und L. F. Lagorio zu finden sind.

Die akademische Richtung wird durch die Werke von A. I. Iwanow, A. G. Warnek und K. P. Brjullow sowie durch Werke seltener Meister vertreten.

Der Abschnitt der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts umfasst Arbeiten von W. W. Pukirew, N. N. Ge, W. G. Perow sowie Landschaften von I. I. Jendogurov und J. J. Klewer.

Das Schaffen der Wanderer wird durch Werke von I. M. Prjanischnikow, W. M. Wassnezow, I. I. Schischkin, A. K. Sawrassow, F. A. Wasiljew, A. I. Kuindzhi, I. E. Repin, W. I. Surikow, W. E. Makowski, I. I. Lewitan, W. D. Polenow und G. G. Mjasoedow repräsentiert.

Im Museum sind auch Werke von Meistern des „Verbandes russischer Künstler“ vertreten, wie S. J. Schukowski, L. W. Turshanski, P. I. Petrowitschew, A. E. Archipow und A. A. Rylow. Die Gruppierung „Bubnowy Walet“ ist durch Gemälde von P. P. Konchalowski und R. R. Falk vertreten. Die Vereinigung „Welt der Kunst“ umfasst Werke von K. A. Korowin, A. J. Golowin, A. N. Benois und E. E. Lansere. Die Sammlung von Z. E. Serebriakova und der Expressionismus in der russischen Kunst, vertreten durch B. D. Grigorjew, wecken ebenfalls Interesse.

Ein besonderer Abschnitt umfasst 60 Werke von N. K. Rerich, die in den letzten Jahren seines Lebens entstanden und 1957 dem Museum übergeben wurden. Besonders hervorzuheben sind die Landschaften aus der Serie „Himalaya“.

Die sowjetische Periode der russischen Malerei wird durch Werke von I. I. Maschkov, K. S. Petrow-Wodkin, K. N. Rjedka, A. W. Schewtschenko, K. F. Juon, A. W. Kuprin, P. D. Korin und anderen Künstlern repräsentiert.

Das Ende des 20. und der Beginn des 21. Jahrhunderts sind durch Werke von Künstlern der Moskauer und Petersburger Schulen sowie von Meistern aus Sibirien und Nowosibirsk, wie Nikolai Rybakov, E. Dybski, M. Kantor und anderen, vertreten.

Die Sammlung der ausländischen Kunst umfasst eine kleine Sammlung von Malerei, eine Sammlung von Radierungen und einzelne Exponate von Skulpturen und angewandter Kunst. Die ausländische Malerei wird durch Werke europäischer Meister des 16. und 19. Jahrhunderts repräsentiert, darunter flämische, niederländische und französische Künstler.

Der Grafikbereich umfasst hauptsächlich reproduktive Radierungen französischer, italienischer und englischer Künstler des 17. und 18. Jahrhunderts sowie einzelne originale Blätter von N.-T. Charle und P. Gavarni.

Die zeitgenössische ausländische Kunst wird durch Werke spanischer, italienischer, japanischer und australischer Künstler repräsentiert.

In Nowosibirsk findet alle zwei Jahre die Internationale Biennale für zeitgenössische Grafik statt, die das kulturelle Leben der Region bereichert und die moderne Entwicklung der grafischen Künste demonstriert.

Das Museum führt regelmäßig Führungen, Vorträge und Wettbewerbe durch. Das NGHM engagiert sich aktiv in der wissenschaftlichen Forschung, veranstaltet Konferenzen, Seminare und runde Tische. Die Verlagsarbeit umfasst Publikationen über die Sammlung des Museums, Sammelbände von Artikeln und Konferenzen, Ausgaben über das Schaffen von Künstlern, deren Werke im Museum aufbewahrt werden, sowie Bücher und Alben zur Geschichte der Gründung und Entwicklung des NGHM.