Im Jahr 1897 wurde in der Sitzung der Stadtverordnetenversammlung die Frage der Umwandlung des männlichen Gymnasiums in ein vollständiges Gymnasium und dem Bau eines neuen Gebäudes dafür diskutiert. Zu dieser Zeit befand sich die Progymnasium in einem privaten Haus des Kaufmanns G.I. Chuwaldzhi, das bis heute in der K. Marx Straße 49 erhalten geblieben ist.

Am 26. März (7. April) 1898 beschloss die Schwarzmeerprovinz, 5000 Rubel aus dem Kapital für den Bau eines Gebäudes für das Noworossijsker männliche Gymnasium bereitzustellen. Am 27. April (9. Mai) stellte die Stadtverordnetenversammlung ein Grundstück auf den Ländereien des Militär-Ingenieurbüros zur Verfügung, wo sich zuvor die Konstantinovskaja Festung (heute der Park benannt nach W.I. Lenin) befand, für den Bau des Gymnasiums.

Am 1. (13.) Juli 1898 wurde die männliche Progymnasium in ein achtklassiges klassisches Gymnasium umgewandelt, dessen Direktor Fedor Wladimirowitsch Ljach wurde. Dank seiner Unterstützung und Leitung wurde bis Ende 1900 das neue Gebäude des Gymnasiums in der Dmitrijewskaja Straße (heute Engelsstraße) erbaut.

Das Projekt wurde vom Moskauer Ingenieur und Architekten Lukashevich entworfen. Das zweigeschossige Gebäude, das durch seine Größe und Schönheit beeindruckt, ist in einem symmetrischen Plan ausgeführt. Die roten Ziegelwände harmonieren gut mit den hellen architektonischen Elementen. Alle Unterrichtsräume waren klar geplant. Eine schöne repräsentative Treppe führte in den zweiten Stock, wo sich ein Veranstaltungssaal mit 500 Plätzen und Balkon sowie ein Erholungsraum für die Gymnasiasten befanden. Im zweiten Stock gab es auch eine Hauskapelle. Nach den Erinnerungen der Noworossijsker Einwohnerin T.S. Novak kamen auch die Schülerinnen des weiblichen Gymnasiums in die Hauskapelle. „Auf der einen Seite standen die Jungen, auf der anderen die Mädchen, der Gottesdienst fand statt.“ Neben dem Gymnasium gab es eine Wohnung für den Direktor.

Im Jahr 1904 schlug F.W. Ljach der Stadtverordnetenversammlung vor, einen Turnsaal an das Hauptgebäude des Gymnasiums anzubauen, um Turnunterricht abzuhalten. Aufgrund der hohen Kosten des Projekts (15000 Rubel), das vom Architekten K.V. Gerschman ausgeführt wurde, wurde der Vorschlag jedoch abgelehnt. Später wurde der Turnsaal dennoch gebaut; er wurde 1912 zum Ort der Gründung des berühmten Noworossijsker Fußballclubs „Olympia“ und diente lange Zeit als Sportbasis der Stadt.

Das Noworossijsker männliche Gymnasium war eines der großen und schönen Gebäude der Stadt und wurde oft auf Postkarten abgebildet. Das Schuljahr dauerte 240 Tage vom 16. August bis 1. Juni.

Im Gymnasium wurden folgende Fächer unterrichtet: Religionslehre, Russisch, Slawisch und Literatur, Latein, Griechisch, Deutsch, Französisch, Geschichte, Geografie, Mathematik, Schönschrift, Turnen und Zeichnen. Im weiblichen Gymnasium wurden zusätzlich Pädagogik, Handarbeit und Gesang unterrichtet.

Das Gymnasium galt als Elitebildungseinrichtung, und nur 5% der Schüler wurden aus der Unterschicht aufgenommen, wobei sie begabt sein mussten.

Im Jahr 1920 wurde das männliche Gymnasium in die 1. sowjetische Schule 2. Grades (mittlere) umgewandelt, und im Turnsaal wurde eine Sportsektion des Allgeinem Bildungsprogramms untergebracht. Im Jahr 1925 wurde die Schule in die 3. sowjetische Arbeitsschule reorganisiert, und ab 1928 wurde sie zur Fabrik- und Werksschule Nr. 3 (FZD Nr. 3), vier Jahre später zur mittleren (gemischten) Schule Nr. 3 mit zehnjähriger Ausbildung.

Während des Großen Vaterländischen Krieges (1941-1945) wurde das Gebäude der Schule Nr. 3 zu einem der letzten Verteidigungspunkte der Stadt. Vom 1. bis 8. September 1942 befand sich hier das Hauptquartier des Noworossijsker Verteidigungsbezirks unter dem Kommando von Konteradmiral S.G. Gorshkov. Im Verlauf der Kämpfe wurde das Gebäude stark beschädigt.

Nach der Befreiung der Stadt war das Trust „Noworossijskstroy“ mit der Wiederherstellung des Gebäudes beschäftigt. Am 1. September 1948 wurde die Schule erneut als weibliche Mittelschule Nr. 3 eröffnet. Sie verfügte über 16 helle und komfortable Klassenräume, 3 Fachräume für Physik, Chemie und Naturwissenschaften, einen Pionier- und Komsomolraum, eine Schulcafeteria und andere Diensträume. Ende der 1950er Jahre wurde die Schule erneut gemischt.

Viele Absolventen der Schule wurden zu bedeutenden Persönlichkeiten des Landes und der Stadt. V. Nesterov und G. Mar wurden Doktoren der medizinischen Wissenschaften, P. Koganov, Yu. Ivanyuk und K. Mazyutin, bekannte Spezialisten im Bereich Musik, R. Novak, Preisträger des Staatspreises, G. Petrova, Held der Sowjetunion. Zu den Schülern der Schule Nr. 3 gehörten V.I. Serdyuk, Direktor der Kunstschule, und der bekannte Historiker K. Krimpokha.

Seit 1981 beherbergte das Gebäude eine schulische Ausbildungs- und Produktionskombinat (UPK). Seit den 1990er Jahren bis heute befindet sich hier ein technik-ökonomisches Lyzeum.