Zusammen mit der Spasski-Kathedrale wurde zwischen 1537 und 1542 der Glockenturm mit einem Altar zu Ehren der Drei Heiligen auf der unteren Ebene erbaut. Etwa hundert Jahre später wurde er abgerissen. Der moderne Glockenturm, den die Besucher des Klosters sehen, wurde zwischen 1639 und 1654 errichtet. Zuvor stand an seiner Stelle ein anderer Glockenturm, der gleichzeitig mit der steinernen Spasski-Kathedrale erbaut wurde. Er hatte eine Zeltdachkonstruktion vom Typ "Achtkant auf Viereck". Im unteren zweigeschossigen Viereck, geschmückt mit schlichten Rahmen, flachen Lisenen und einem Kokoschnik-Gürtel, befanden sich zwei Zellen. Der Achtkant darüber ging in ein offenes Glockenjoch mit Bogenöffnungen über, die mit keilförmigen Archivolten verziert waren. Die ornamentalen Gesimse des Glockenturms und die keilförmigen Bögen korrespondierten mit den dekorativen Elementen der Klosterkirchen. In den 1720er Jahren wurde das frühere Zeltdach entfernt, die Wände des Glockenjochs erhöht und darauf ein weiterer Achtkant im Stil des "moskowitischen Barock" mit großen Raduhren installiert. Ende des 18. Jahrhunderts erhielt der obere Achtkant ein figürliches Dach mit einem Spitzdach. 1841 stellte der Wologda-Bauer Michail Gorin einen neuen Spitzdach her, der bis zur Mitte des 20. Jahrhunderts hielt. Die Glocken des Spaso-Prilutsky-Klosters, die zwischen 1736 und 1738 gegossen wurden, wurden 1935 im Zuge der Industrialisierung umgeschmolzen. Von ihnen ist fast nichts erhalten geblieben, außer den Namen einiger Glocken wie "Weslowy", "Protas", "Große" und deren Gewicht. Zum Beispiel wog die "Große" 357 Pud 30 Pfund, und die "Weslowy" 55 Pud.

Im Jahr 2007 erhielt der Glockenturm ein neues Geläut, das nach dem Vorbild des Geläuts der Sophienkathedrale geschaffen wurde. Es umfasst 14 Glocken, von denen die größte 600 Kilogramm wiegt. Im August 2008 wurde die Hauptglocke mit einem Gewicht von 1640 Kilogramm geweiht und auf das Geläut gehoben, die in Tutajew, Region Jaroslawl, mit Mitteln von Wohltätern und Kuratoren des Spaso-Prilutsky-Klosters hergestellt wurde. Ihre Herstellung dauerte etwa 9 Monate und kostete etwa eine Million Rubel. In den Jahren 1967-1968 wurde der Klosterglockenturm von Spezialisten der Wologda-Spezialwerkstatt für wissenschaftliche Restaurierung unter der Leitung des Architekten Gleb Pavlovich Belov restauriert. Im Zuge der Restaurierung wurde das Mauerwerk der Wände korrigiert, sie wurden verputzt und weiß getüncht; der Abschluss des Glockenturms wurde nach einem Projekt aus dem frühen 18. Jahrhundert wiederhergestellt und mit verzinktem Eisen bedeckt, eine Zwiebelkuppel wurde installiert. Das neue Geläut des Spaso-Prilutsky-Klosters erklang erstmals am 16. Juni 2007 beim Fest der Begegnung des wundertätigen Bildes des heiligen Dimitri von Prilutsk, als der heilige Patriarch Alexius II. nach Wologda kam.