Die Kirche der Enthauptung des Heiligen Johannes des Täufers in der kleinen Lubjanka, auch bekannt als die Johannes-Täufer-Kirche, wird als eine der ältesten in Moskau angesehen, obwohl sie in historischen Dokumenten seit 1620 erwähnt wird. Der Legende nach wurde die Kirche bereits 1337 unter dem Großfürsten Ivan Kalita in der Nähe seiner Residenz errichtet. Das letzte Gebäude der Kirche, das als steinerner einheitlicher Bau gestaltet ist, stammt aus dem Jahr 1643. Dieser bescheidene Bau mit einem Glockenturm aus dem 18. Jahrhundert stand bis zum Beginn der antireligiösen Kampagne der Bolschewiki. In der Kirche gab es Altäre zu Ehren der Heiligen Johannes des Evangelisten und Nikolaus des Wundertäters sowie alte Ikonen des Johannes des Täufers, der Gottesmutter von Wilna und der heiligen Märtyrerin Katharina. Im Jahr 1862 wurde die Sakristei erweitert. Der Glockenturm wurde in den 1740er Jahren erbaut.

Die letzte Adresse der Kirche war: Kleine Lubjanka, Haus 6. Zu verschiedenen Zeiten wurde diese Straße als Neue Straße, Kirschgasse und Kleine Lubjanka-Gasse bezeichnet. Obwohl es scheinen mag, dass die kleine Lubjanka weder einen Anfang noch ein Ende hat, verlief sie parallel zur großen Lubjanka und begann am Lubjanka-Platz. Ein Teil der Straße, der heute nicht mehr existiert, reichte bis zur Furkasow-Gasse und wurde zu Ehren der Kirche als Predtechinski-Gasse bezeichnet. Die Furkasow-Gasse erhielt ihren Namen von dem Hof des Schneidermeisters Pierre Furkase, der sich in der Nähe der Kirche befand.

Die Kirche wurde 1929 geschlossen und 1931 abgerissen. An ihrer Stelle wurde 1944-1945 nach dem Entwurf des Architekten A.V. Schussew ein neues Gebäude des NKWD errichtet.