Auf dem Gelände, wo später das Filaretovische Institut gegründet wurde, befand sich fast drei Jahrhunderte lang das Zaborowskoye Vorwerk des Tschudow-Klosters. Dieses Kloster, eines der ältesten in Moskau, lag im Kreml, wurde jedoch zu Beginn der 1930er Jahre von den Bolschewiken zerstört. Der Kleine Charitonjewski-Gässchen hieß bis zum 19. Jahrhundert Zaborowskij, und die Gasse, die zum Vorwerk führte, trug den Namen Tschudowski. In der Sowjetzeit wurde er umbenannt, und in der neueren Zeit heißt er Ogarodnaya Sloboda, in Erinnerung an die Gärtner-Sloboda, die hier bis zum 18. Jahrhundert existierte.

Das Kloster-Vorwerk, gegründet in den 1670er Jahren, bestand bis zur Mitte des 19. Jahrhunderts. Nach seiner Aufhebung wurde hier das Filaretovische Eparchialinstitut untergebracht. Die Holzbauten wurden abgerissen, und 1861 wurde an ihrer Stelle ein zweigeschossiges Gebäude nach dem Entwurf des Architekten A.O. Vivien errichtet. Es war ein Gebäude mit einfacher Architektur und bescheidenem Fassaden. Das Institut zog 1865 hierher um. 1878 fügte der Architekt M.G. Piotrowitsch ein drittes Geschoss hinzu. Im Inneren wurde eine Hauskapelle des heiligen Filaret des Mildtätigen eingerichtet, die bis 1919 in Betrieb war, als sie von den Bolschewiken geschlossen wurde.

Das Filaretovische weibliche Eparchialinstitut wurde 1832 auf Initiative des Metropoliten von Moskau und Kolomna, Filaret, zur Erziehung von Mädchen geistlichen Standes gegründet. Ursprünglich existierte es als Erziehungsabteilung im Haus der Fürsorge von Gorichwostow im Anwesen der Gagarins-Tjutschews in der Armenischen Gasse. Das Institut stand unter der Verwaltung der Moskauer Wohltätigkeitsorganisation für bedürftige Geistliche. Hier studierte Maria Pawlowna Tschechowa, die jüngere Schwester des Schriftstellers, obwohl ihre Ausbildung von dem Taganroger Kaufmann Sabinnikow bezahlt wurde, da die Familie Tschechow nicht über die Mittel verfügte.

Nach der Revolution von 1917 wurde das Filaretovische Institut geschlossen. In seinem Gebäude wurde die Verwaltung des inneren Schutzes der Tscheka-OGPU untergebracht, und 1925 ging es in den Besitz der Marine der UdSSR über. An der Schwelle der 1920er-1930er Jahre wurde das Gebäude nach dem Entwurf des Architekten P.A. Golosow umgebaut, und dann entstand das prächtige Portal.

Derzeit gehört das Gebäude dem Verteidigungsministerium, und hier befindet sich der Stab der Logistik der Streitkräfte der RF.