Im 17. Jahrhundert befand sich in der Nähe der Tverskaja-Straße, an den Mauern der Weißen Stadt, dem dritten Verteidigungsring Moskaus, der durch die heutigen Boulevards verlief, die Gnezdnikowski-Siedlung. Historiker sind sich über die Herkunft ihres Namens uneinig. Die wahrscheinlichste Version besagt, dass hier Handwerker lebten, die Pfeile herstellten, die sie als "Nester" bezeichneten und verkauften. In der Volkszählung von 1648 wird der Hof "Iwaschki gneznik" erwähnt. In den Katasterbüchern der zweiten Hälfte des 17. Jahrhunderts gibt es einen Eintrag vom 15. Mai 1676: "Es wurde befohlen, für den Zarewitsch und Großfürsten Peter Alexejewitsch... 10 Nester von Apfelholzpfeilen mit weißen Schwänzen, sowie 10 Nester von Birkenpfeilen mit einfachem Gefieder zu machen." In späteren Dokumenten von Peter I. wird angegeben: "10 Nester von Tomar- und Srezni-Pfeilen wurden aus der Reihe gekauft, 8 Nester von Nordpfeilen."

Die erste Erwähnung der Nikolauskirche datiert auf das Jahr 1625. Damals war der Tempel, der das Zentrum der Gnezdnikowski-Siedlung bildete, aus Holz. Vier Jahre später wurde an seiner Stelle eine steinerne Kirche erbaut, was auf den Wohlstand der Einheimischen hinweist, da der Bau aus Stein teuer war.

Nach hundert Jahren war der Tempel baufällig, und 1724 wurde ein Erlass zum Bau einer neuen Kirche anstelle der alten erlassen. Auf Wunsch der Gemeindemitglieder und des Pfarrers Peter Judin wurde beschlossen, eine neue steinerne Kirche zu errichten. Bis 1727 wurde mit Mitteln der Gemeindemitglieder eine Kirche im Barockstil erbaut. Der Hauptaltar wurde zu Ehren der Verkündigung der Gottesmutter geweiht, und die Seitenaltäre zu Ehren des heiligen Dmitri von Rostow und des heiligen Nikolaus von Myra. Die Kirche wurde nach dem Nikolaus-Altar benannt. Bald darauf wurde ein freistehender Glockenturm errichtet.

Später, im Jahr 1870, wurde der Glockenturm umgebaut. In der ersten Hälfte des 19. Jahrhunderts wurde im Kirchenhof, an der Ecke der großen Gnezdnikowski- und Leontjew-Straße, ein zweigeschossiges Steingebäude des Pfarrhauses für die Unterbringung von Geistlichen und Kirchenmitarbeitern errichtet.

In den 1930er Jahren, im Rahmen der "Schulkampagne", als anstelle der "Horte des Aberglaubens" "Tempel der Wissenschaft" errichtet wurden, wurde die alte Nikolauskirche abgerissen und an ihrer Stelle ein Schulgebäude gebaut. Das Einzige, was von der Kirche erhalten blieb, ist das Pfarrhaus, das 2013 als Objekt des kulturellen Erbes von regionaler Bedeutung anerkannt wurde.

Heute befindet sich hier die "Allrussische Gesellschaft der Autofahrer".