Ursprünglich war dies der südliche Eckturm des Klosters, in dem 1763 eine Kirche eingerichtet wurde. Dies geschah unter dem Astrachaner Bischof Mephodij, und der Tempel wurde zu Ehren des heiligen Ilarion des Großen geweiht. Die Arbeiten zur Einrichtung der Kirche wurden vom Bischof selbst finanziert, um seinem Onkel, dem Bischof Ilarion, der zuvor das Amt des Astrachaner Erzbischofs innehatte, zu gedenken. In den gleichen 1760er Jahren richtete Bischof Mephodij im nordöstlichen Turm einen anderen Tempel zu Ehren des Heiligen Mephodij, Patriarchen von Konstantinopel, dem himmlischen Schutzpatron des Bischofs, ein. An dieser Stelle befindet sich heute die Katharinenkirche.

Bis zur Mitte des 19. Jahrhunderts war der Tempel in einen schlechten Zustand geraten, und das Kloster hatte keine Mittel für seine Wiederherstellung. Der Astrachaner Kaufmann Joakim Andrejewitsch Repin bot an, den Tempel auf eigene Kosten wiederherzustellen, unter der Bedingung, dass die Kirche zu Ehren der heiligen Märtyrerin Barbara umbenannt wird, um seiner verstorbenen Frau zu gedenken, und dass unter dem Tempel eine Familiengruft für die Familie Repin eingerichtet wird. Der Astrachaner Erzbischof Afanasi Drozdov stimmte diesen Bedingungen zu und erlaubte die Umbenennung sowie die Einrichtung der Gruft. 1867 wurde der Tempel renoviert und erneut als Barbara-Kirche geweiht. Mit den Mitteln des Kaufmanns Repin wurde ein neuer Ikonostase geschaffen, und der Tempel wurde mit heiligen Bildern geschmückt.

1893 gab es in den südlichen Zellen einen Brand, der auch die Barbara-Kirche beschädigte, insbesondere ihren Ikonostase. Die Reparatur wurde durch Spenden desselben Kaufmanns Repin durchgeführt.

In der Sowjetzeit ging die Ausstattung des Tempels verloren. Zu Beginn des 20. Jahrhunderts wurde der ehemalige Tempel für die Bedürfnisse eines Krankenhauses genutzt, und hier, wie auch im südlichen Trakt der Bruderschaftszellen, befanden sich Krankenhauszimmer. Derzeit hat die Wiederherstellung des Tempels begonnen.

Die kleine, warme Kirche ist im Stil des „Naryschkin“-Barocks gestaltet. Ihre Hauptdekoration, der Altar, wurde aus dem Eckturm mit einem Zeltdach umgebaut. Die Kirche hatte keinen Speisesaal und war direkt mit dem südlichen Trakt der Bruderschaftszellen verbunden. Unter dem Tempel befand sich die Gruft der Familie Repin.