Die Kirche der Heiligen Dreifaltigkeit wurde an der Stelle zweier alter Holzkirchen, der Dreifaltigkeits- und der Erscheinungskirche, erbaut, dank der Finanzierung durch die Schützen- und Grenadierregimenter, die die Neodwinskaja-Festung schützten. Ursprünglich befanden sich diese Kirchen in der Festung auf der Insel Brovennik an der Mündung der Nord-Dwina. Im Jahr 1716, nach der Verlegung der Regimenter an das Ufer der Kuznechikha, wurden die Holzkirchen abgerissen und an einen neuen Ort versetzt.

Der neue Tempel war zweigeschossig: Im oberen Geschoss befand sich die Dreifaltigkeitskirche mit der Kapelle des Johannes des Täufers, und im unteren die Erscheinungskirche mit der Kapelle des Erzengels Michael. Im Jahr 1761 wurde dem Tempel ein Glockenturm hinzugefügt.

Im Jahr 1810 ging der Tempel von der Bataillonsverwaltung in die Zuständigkeit der Diözese über, obwohl die meisten Gemeindemitglieder Militärangehörige blieben. Hier wurden vier Regimentsstandarten aus der Zeit Peters I. aufbewahrt und militärische Zeremonien der Archangelsker Garnison durchgeführt.

In der Sowjetzeit wurde die Kirche geplündert, die Kuppel und der Glockenturm teilweise zerstört, und im Gebäude wurden nacheinander eine Fahrschule, ein Arbeiterwohnheim sowie Seifen- und Steinmetzbetriebe untergebracht. Der letzte Pfarrer, Protopresbyter Nikolai Danilowitsch Rodimow, wurde 1938 erschossen und 2006 als neuer Märtyrer und Bekenner der Russischen Kirche heiliggesprochen.

Im Jahr 1992 wurde der Tempel an die Archangelsker Diözese zurückgegeben, und 1995 fand dort der erste Gottesdienst statt. In der Kirche arbeitet aktiv ein sozial-karitatives Dienst, und die Restaurierung des Gebäudes wird fortgesetzt.