Früher befand sich an dem Ort, an dem jetzt die Kirche steht, ein großes Moor, bekannt als "Lužišče", woraus der Name "Zaluzhje" entstand. Die Sergius-Tore wurden einst als Lužski bezeichnet. Genaue Daten zum Bau der Sergius-Kirche sind nicht bekannt.

Wahrscheinlich wurde die Kirche nach dem Verlust der Unabhängigkeit Pskows im Jahr 1510 erbaut, da bis dahin die Moskauer Heiligen hier nicht besonders verehrt wurden. Möglicherweise wurde sie von hierher umgesiedelten Moskauer Bürgern anstelle der nach Moskau verbannten Pskower errichtet.

Einige architektonische Details veranlassten den Forscher Grabary, die Kirche ins 14. Jahrhundert einzuordnen. Es gibt jedoch zwei wichtige Punkte: Die Verehrung des Sergius begann erst im 15. Jahrhundert, und in der Chronik wird vermerkt, dass die Kirche 1561 bei einem Brand zerstört wurde.

Somit erhielt die Sergius-Kirche ihr heutiges Aussehen nicht vor der zweiten Hälfte des 16. Jahrhunderts. Zuvor gab es hier ein Männerkloster, das 1710 zum Vorwerk des Ljubyatovsky-Klosters wurde. Zu Beginn des 19. Jahrhunderts wurde die Kirche der Neuen Auferstehungskirche zugeordnet und später dem Sergius-Realgymnasium übergeben. Die letzte Restaurierung fand in den Jahren 1885-1886 statt.

An der Südseite der Kirche befindet sich eine Kapelle zu Ehren des heiligen Nikandr, die 1785 von dem Kaufmann Ivan Jakovlevich Postnikov erbaut wurde. Die Kirche steht auf einem Untergeschoss, dessen Eingang sich links von der Vorhalle befindet. Am Eingang sind Spuren des Ornamentes sichtbar, das einen Teil der Kellerwände bedeckte. Die Keller sind tief und gewölbt. An der Nordwand des Tempels befindet sich der elegante Pskower Glockenturm mit zwei Durchgängen für die Glocken. In die Westwand der Vorhalle ist ein beschädigter Grabstein aus dem Jahr 1624 eingelassen.

Nach der Revolution wurde die Kirche geschlossen. Bis zum Krieg hob sie sich unter den anderen Tempeln durch ihre prächtige Kuppel mit grünem Dachziegel und einem bunten Fries aus Fliesen hervor. Während der faschistischen Besetzung Pskows wurde die Kirche stark beschädigt und stürzte ein.

In den 1970er Jahren, während der Restaurierung, wurde in der Wand ein Versteck mit einer Holzkiste gefunden, in der 56 alte Manuskripte aus dem 16. und 17. Jahrhundert aufbewahrt wurden. Diese Funde ermöglichen es, den Bau der Kirche auf die 1580er Jahre zu datieren, als das Sergius-Kloster aufgrund der Annäherung der Truppen von Stefan Batory in die städtischen Befestigungen verlegt wurde.

Am 26. Dezember 2011 genehmigte die Regierung der Russischen Föderation einen Aktionsplan zum 700. Jahrestag von Sergius von Radonesch, der die Kirche einbezog. Am 24. April 2014 übergab die Rosimuschestvo die Kirche zur unentgeltlichen Nutzung an die lokale Religionsgemeinschaft.

Im Januar 2015 begannen die Restaurierungsarbeiten nach dem Projekt des Architekten V. Nikitin, das im Juli 2014 genehmigt wurde. Am 25. August weihte Metropolit Jewsew die Kreuze. Der erste Gottesdienst fand am Abend des 7. Oktober statt, und am 8. Oktober wurde ein Wasserweihe-Gottesdienst mit Prozession abgehalten.

Das Dach des quadratischen Teils mit acht Neigungen, die historische Bedeckung der Kuppel, die keramische Schindel, der zweigeschossige Glockenturm und die Kapelle des heiligen Nikandr des Einsiedlers wurden rekonstruiert.