Das Grundstück, auf dem der Tempel steht, wurde 1909 von der Russischen Geistlichen Mission in Jerusalem gekauft. Die lokalen türkischen Behörden erteilten jedoch keine Baugenehmigung. Der Archimandrit Leonid (Senzow), der die Mission leitete, schlug vor, zunächst eine Speisehalle für die Pilger zu bauen, die per Schiff nach Haifa kamen. Der Bau der Kirche wurde von dem Ingenieur Boris Gurewitsch geleitet.

Im Jahr 1912 begann die Mission, eine Genehmigung für die Umgestaltung der Speisehalle zu beantragen. An das Gebäude wurde ein Altar angebaut, ein Ikonostase aus grauem Marmor installiert und ein Glockenturm errichtet. Zu Beginn des Jahres 1913 wurde die Genehmigung erteilt, was durch die Feier des Jubiläums des Hauses Romanow begünstigt wurde. Der russische Bereich in Haifa wurde als "Romanowsches Vorwerk" bezeichnet. Die Klärung der Angelegenheit dauerte länger als erwartet und erforderte zusätzliche Formalitäten. Am 14. November 1913 wurde die Kirche im Namen des Propheten Elia feierlich vom Patriarchen von Jerusalem Damian geweiht.

Im Bericht der Russischen Geistlichen Mission heißt es: "Die Elia-Kirche auf dem Berg Karmel nahe der Stadt Haifa ist sehr klein. Sie ist in Form eines griechischen Kreuzes und im griechischen Architekturstil gestaltet, aber für die wenigen Pilger und die einheimischen orthodoxen Araber völlig ausreichend. Der Ikonostase ist klein, einreihig, aber gut. Die Sakristei und die Utensilien sind bescheiden. Die meisten Dinge stammen aus der Dreifaltigkeitskathedrale in Jerusalem, einige wurden gespendet."

Der Erste Weltkrieg störte das ruhige Leben der Kirche. Der Zustrom von Pilgern aus Russland hörte praktisch auf, und die Kirche blieb untätig, da kein Priester vorhanden war. In den 1920er und 1930er Jahren diente der arabische orthodoxe Priester Protopresbyter Nikolai in der Kirche, der nach seinem Tod neben der Kirche im russischen Bereich beigesetzt wurde. Danach fanden die Gottesdienste nur sporadisch statt, wenn Pilger mit Priestern kamen.

Nach der Gründung des Staates Israel gingen die Objekte der Russischen Geistlichen Mission, einschließlich der Kirche des Propheten Elia in Haifa, unter die Verwaltung des Moskauer Patriarchats (zuvor unter der Verwaltung der RPTsZ).

Im Frühjahr 1991 wurde in der Grabeskirche der Herr ein Priester namens Miroslav Vitiv geweiht, der zum Pfarrer der Kirche des Propheten Elia wurde. Nach dem Besuch des Patriarchen von Moskau und ganz Russland Alexius II. im selben Jahr belebt sich das Pilgerleben, die Kirchen begannen mit der Restaurierung, und es kamen neue Priester hinzu.