Im Jahr 1627 wurde das Dorf Malyschewo von Zar Michael Fjodorowitsch dem Diakon Ivan Grjaznow für seine Dienste in Astrachan geschenkt. Im Dorf befanden sich die Kirche der Entschlafung der Heiligen Gottesmutter und die Kirche des Heiligen Nikolaus des Wundertäters. Im Jahr 1844 stellte der Grundbesitzer Wladimir Michailowitsch Jesipow aus der Provinz Kasan einen Antrag.

Am 19. Oktober 1847 berichtete der Priester Fjodor Weselowski aus der Georgievskij-Kirche der Wladimirer geistlichen Konsistenz über die Weihe der Kirche in Malyschewo und die Unterzeichnung des Kreuzes.

Im Jahr 1870 wurde auf Wunsch der Gemeindemitglieder der Altar in der Kirche zu Ehren des Heiligen Nikolaus des Wundertäters umbenannt. Die Kirche war gut mit liturgischen Gegenständen und Ikonen ausgestattet, darunter stachen die alten Ikonen der Entschlafung der Gottesmutter und des Heiligen Nikolaus des Wundertäters in silbernen Gewändern hervor.

Im Jahr 1874 wurde das Dorf Malyschewo von einem Feuer heimgesucht, aber die Kirche blieb unversehrt, nur die Kirchenwache brannte nieder. Die Gemeindemitglieder zeigten wenig Eifer für die Kirche; sie war aus Stein, aber kalt, ohne Öfen, mit bescheidenen liturgischen Gegenständen und instabilen Gittern an den Fenstern. Der neu ankommende Priester Selin hatte nicht die Möglichkeit, die Situation zu verbessern.

Neben der steinernen Kirche gab es in Malyschewo eine hölzerne Kirche der Schutzherrin der Heiligen Gottesmutter. Bis 1875 stand sie auf dem Friedhof und wurde dann zur steinernen Kirche versetzt und wurde warm. Die Zeit ihrer ursprünglichen Errichtung ist unbekannt. Ab 1888 gab es in Malyschewo eine kirchliche Schule.

In den sowjetischen Jahren wurde das geistliche Leben unterbrochen, und die Kirche wurde um 1926 geschlossen. Der Atheismus wurde zur offiziellen Ideologie, und religiöse Rituale fanden heimlich statt. Das kirchliche Leben wurde geheim, und die Gemeindemitglieder bemühten sich, die Erinnerung an die Heiligtümer zu bewahren. Im Gebäude der Kirche wurden Schlossereien untergebracht, dann ein Schulinternat, und später wurde es verlassen.

Mit dem Beginn der Perestroika änderte sich die Einstellung zur Kirche. Der Prozess der Rückgabe von Kirchengebäuden und Kultgegenständen an die Russische Orthodoxe Kirche begann. Die Bewohner von Malyschewo beschlossen zusammen mit Vertretern des Wladimirer Bistums, die Kirche wiederherzustellen, und im Jahr 2000 wurde zu Ehren dieses Ereignisses ein Andachtskreuz aufgestellt. Jetzt ist die Kirche restauriert, aber ihre Konstruktion bleibt unvollständig.