Der Tempel des Heiligen Propheten Johannes des Täufers ist die erste Kirche, die in der Stadt Zarizyn, die heute als Wolgograd bekannt ist, erbaut wurde. Der Bau der Zarizyn-Festung begann am 2. Juli 1589 mit der Errichtung einer Holzkirche zu Ehren des Heiligen Johannes des Täufers durch Kosaken.

Zehn Jahre nach dem Bau brannte die Kirche nieder, wurde jedoch 1615 wiederhergestellt. 1664 wurde sie in Stein umgebaut und wurde das erste steinerne Gebäude in Zarizyn. Trotz der Einnahme Zarizyns durch die Aufständischen im Jahr 1670 funktionierte die Kirche weiter. 1704 wurde ein neuer Tempel im Stil „Achtkant auf Viereck“ errichtet, der für diese Zeit charakteristisch war.

Zar Peter I. besuchte diese Kirche, und Ende 1722 wurde auf seinen Befehl ein Anbau errichtet. Unter Katharina II. wurde die Johannes-Täufer-Kirche zur Pfarrkirche.

Mit dem Kommen der sowjetischen Macht verschlechterte sich die Lage des Tempels. 1922 wurde das Inventar beschlagnahmt, und 1932 wurden die Glocken und Ikonen entfernt. Am 27. Februar wurde die Entscheidung über die Schließung der Kirche getroffen, und am 3. April 1932 wurde der Tempel gesprengt. An seiner Stelle wurde ein Restaurant gebaut. Während der Schlacht von Stalingrad im Jahr 1942 nutzten die Deutschen das Fundament der Kirche für einen ihrer Bunker.

In den 1990er Jahren wurde beschlossen, den Tempel wiederherzustellen. Am 10. September 1995 fand die Grundsteinlegung und Weihe des Ortes für seinen Bau statt. Im Jahr 2000 wurde der Tempel eröffnet, und die erste Liturgie im neuen Gebäude fand an Ostern 2001 statt, die von Priester Oleg Kirichenko geleitet wurde. Der Vorsteher der Kirche ist der Hochwürdigste Metropolit von Wolgograd und Kamyschin, German, und der amtierende Priester ist Protopriester Oleg Kirichenko.

Das Entwurf für die Wandmalerei der Kirche wurde von dem Verdienten Künstler der Russischen Föderation Andrei Vystropov vorbereitet, aber die Malerei wurde nie ausgeführt.