Der Apothekergarten ist einer der ältesten botanischen Gärten Russlands, gelegen im Zentrum Moskaus an der Prospekt Mira. Er wurde 1706 auf Befehl von Peter I. als Apothekergarten zur Zucht von Heilpflanzen und zur Verbesserung medizinischen Wissens gegründet. Der Name stammt von dem Wort „apothekarskij“, also in Verbindung mit Medikamenten, da die Pflanzen für Apotheken und medizinische Zwecke angebaut wurden.
Der Garten entstand an der Stelle eines staatlichen Gartens, der zuvor bei der Apotheke des Handelsplatzes lag, und wurde an die nördliche Grenze des damaligen Moskaus hinter dem Sucharewa-Turm verlegt. Peter I. persönlich beteiligte sich an der Gestaltung des Gartens, indem er hier Nadelbäume pflanzte, um die Unterschiede zwischen den Arten zu demonstrieren.

Im 18. und 19. Jahrhundert wurde der Apothekergarten zu einem wichtigen wissenschaftlichen Zentrum: Hier arbeiteten herausragende Botaniker, es fanden Exkursionen statt und Herbariensammlungen wurden angelegt. Im Jahr 1805 wurde der Garten von der Moskauer Universität erworben und wurde Teil ihres botanischen Gartens. Unter der Leitung von Professor Georg Hofmann erweiterte sich die Pflanzensammlung schnell, und im Jahr 1808 wurde der erste Katalog veröffentlicht, der mehr als 3.500 Pflanzenarten umfasste.

Im 19. Jahrhundert erhielt der Garten die Züge eines Stadtparks, der der breiten Öffentlichkeit zugänglich war. Es wurden Alleen angelegt, Rasenflächen angelegt und Bänke aufgestellt, all dies machte ihn zu einem beliebten Ort für Spaziergänge der Moskauer. Zu Beginn des 20. Jahrhunderts wurde hier ein Palmenhaus gebaut, in dem exotische Arten, darunter die Victoria regia, die berühmte riesige Wasserlilie, gezüchtet wurden.
Nach der Oktoberrevolution und dem Bürgerkrieg erlebte der botanische Garten schwierige Zeiten: Viele Gewächshäuser wurden geschlossen, ein Teil der Sammlungen ging verloren. Erst im 20. Jahrhundert, insbesondere nach 1950, als der Apothekergarten eine Filiale des Botanischen Gartens der MSU wurde, begann die Wiederherstellung seiner wissenschaftlichen und kulturellen Rolle.